В статье предлагается анализ концептуальных истоков научной политики и динамики ее изменений в программных документах, принятых российскими органами исполнительной власти за период с 1996 по2016 гг. Теоретическим базисом для анализа служит методология Т. Куна: акцент делается на таких ее составляющих, как различение парадигм на основе их “несоизмеримости” и выделение “парадигмальных” документов, служащих формированию общего видения реальности, которое разделяется определенным сообществом. Применительно к периоду становления современной научной политики (1940-е – 1960-е годы) выделяются две парадигмы – “либеральная” и “марксистская”. Происхождение первой связывается с поддержкой исследований и разработок в США в годы Второй мировой войны и после, второй – с политикой Советского Союза в период 1920-1960-х годов. Советская научная политика в период с 1960-х годов и далее эволюционировала по пути восприятия теории систем, в силу чего точнее характеризовать ее как “системную”. Эта линия развития была оборвана в начале 1990-х в связи с резким поворотом к либеральной парадигме, отчетливо проявившейся в документах этого периода. Однако в 2000-х годах произошел частичный возврат к системному видению. Документы последнего десятилетия обращаются к новой – “неолиберальной” парадигме, построенной на представлении о рыночной организации как об основном механизме государственного управления, в рамках которой автономия научного сообщества понимается как его организация по рыночным принципам. В то же время Стратегия научно-технологического развития России 2016 г. вновь обращается к элементам системной парадигмы, пытаясь объединить контрактную организацию научных исследований, являющуюся одной из базовых составляющих неолиберального видения, и прямого управления, лежащего в основе системного подхода. Таким образом, парадигмальный анализ указывает на внутреннее противоречие, свойственное отечественной научной политике, которое затрудняет ее реализацию.